സിസ്റ്റര് അഭയ കേസ് പ്രതിയും കോട്ടയം ബി സി എം കോളേജിലെ സൈക്കോളജി വിഭാഗം അധ്യാപകനുമായിരുന്ന ഫാദർ തോമസ് എം കോട്ടൂരിൻ്റെ പെൻഷൻ പൂർണമായും പിൻവലിച്ചു. പെൻഷൻ പിൻവലിച്ചു കൊണ്ടുള്ള ഉത്തരവ് ധനകാര്യ വകുപ്പ് പുറത്തിറക്കി.1992 മാർച്ച് 27നാണ് കോട്ടയം ബി.സി.എം കോളേജിലെ രണ്ടാം വര്ഷ പ്രീ ഡിഗ്രി വിദ്യാര്ത്ഥിനിയായ സിസ്റ്റര് അഭയയെ പയസ് ടെന്ത് കോണ്വെന്റിലെ കിണറ്റില് മരിച്ച നിലയില് കണ്ടെത്തിയ സംഭവത്തി ഫാ. തോമസ് കോട്ടൂരിനു സി.ബി.ഐ കോടതി ജീവപര്യന്തം തടവ് ശിക്ഷ വിധിച്ചിരിക്കുന്നത്.
ഗുരുതരമായ ക്രിമിനല് കുറ്റത്തിന് ശിക്ഷിക്കപ്പെടുകയോ ഗുരുതരമായ സ്വഭാവ ദൂഷ്യത്താല് കുറ്റക്കാരനെന്ന് കണ്ടെത്തപ്പെടുകയോ ചെയ്യുന്ന ഒരു ഉദ്യോഗസ്ഥന്റെ പെൻഷൻ കെ.എസ്.ആർ ഭാഗം III ചട്ടം 2(a) പ്രകാരം മുഴുവനായോ ഭാഗീകമായോ സ്ഥിരമായോ ഒരു നിശ്ചിത കാലഘട്ടത്തേക്കോ തടഞ്ഞു വെയ്ക്കുകയോ പിൻവലിക്കുകയോ ചെയ്യാവുന്നതാണ്. ഇത് പ്രകാരമാണ് നടപടി.
തിനാല് ജീവപര്യന്തം തടവ് ശിക്ഷ വിധിക്കപ്പെട്ട ഇയാളുടെ പെൻഷൻ പൂർണ്ണമായും പിൻവലിക്കുന്നതിനു സർക്കാർ താല്ക്കാലിക തീരുമാനം കൈക്കൊള്ളുകയായിരുന്നു. കുറ്റക്കാരൻ ആണെന്ന സിബിഐ കോടതി വിധിക്കെതിരെ ഫാദർ തോമസ് കോട്ടൂർ ഹൈക്കോടതിയില് റിവ്യൂ ഹർജി നല്കിയിരുന്നു. തന്റെ ജീവിത മാർഗമായ പെൻഷൻ തടയരുതെന്ന് ആവശ്യപ്പെട്ട് ഫാദർ തോമസ് കോട്ടൂർ സർക്കാരിന് നേരത്തെ അപേക്ഷ നല്കിയിരുന്നു.
